J'avoue ne pas trop te suivre, bien sûr que l'on peux le faire, c'est à cela que sert un sous domaine.
La question que je me pose c'est comment tu peux avoir besoin de 2000 sousdomaines.
Il y a de multiples façons d'y parvenir soit réécrire en php le httpd.conf mais ce n'est pas élégant il vaut mieux utiliser les fonctions prévues pour cela dans le httpd.conf, tu peux aussi associer un fichier qui alimente le httpd.conf et lui tu le manipules dynamiquement en php par exemple.
google est ton ami, (httpd.conf, virtual host, rewritemap etc)
Si ce n'est pas top secret quel est le besoin de ces 2000 sousdomaines ?